地名由来：因村庄地处黄土岗得名黄泥墩，取“黄墩”二字，故得名。

2022年12月，安徽省委农村工作领导小组公布安徽省乡村振兴示范镇创建名单，黄墩镇上榜。

2020年11月，农业农村部认定黄墩镇为第十批全国一村一品示范村镇（蓝莓）。

2020年4月，黄墩镇上榜第五届安徽省文明村镇名录。

2019年12月，安徽省农业农村厅认定黄墩镇为第十二批安徽省“一村一品”示范镇（蓝莓）。

怀宁县辖镇。1958年设黄墩公社，1984改乡，1992年撤乡设镇。位于县境中部，距县城22公里。面积57.4平方公里，人口3.7万。月(山）北(门坦）公路横贯镇境。辖黄墩、麦园、蒋岭、杉林、联桥、高楼、方嘴、钱埂、古楼、秀山、雷山、桐园、横山、皖埠、潘河、老埂、栗山、良加、花山、金湾、石林21个村委会。有重晶石、大理石等矿。工业以建材业为主，农业主产水稻。

历史沿革：

1949年属三桥区；1956年为黄墩、岭北乡；1958年为黄墩人民公社；1959年并入三桥人民公社；1961年恢复黄墩人民公社；1984年公社改乡，改为黄墩乡；1992年撤销黄墩乡，改为黄墩镇，属怀宁县管辖至今。