地名由来：因镇人民政府驻地耿扎村，耿扎村驻地为“马奈”而得名。

2019年，撤销马尔邦乡、马奈乡，设立马奈镇，以原马尔邦乡和原马奈乡所属行政区域为马奈镇的行政区域，马奈镇人民政府驻八角塘村2组87号。

历史沿革：

马奈乡境域旧属大金川安抚司。

清乾隆四十一年（1776年），改马奈屯，属河西屯守备，后属崇化屯。

民国二十四年（1935年），崇化屯改县，马奈属之。

民国二十五年（1936年），置靖化县，设马奈联保。

后改马奈乡，属第一区。

1951年7月，改马奈乡防匪生产委员会。

1966年，与马尔邦合并为马尔邦公社。

1984年，析置马奈乡。

2019年12月，撤销马尔邦乡、马奈乡，设立马奈镇。